Как так вышло, что буква J, дававшая звук Й, стала звучать настолько по-разному в разных языках?

Насколько понял, изначально (в латыни) буква "j" означала краткий звук "i". Ввиду его краткости его произношение сопровождалось активной работой мышц, как при произношении согласных. Поэтому этот звук часто классифицируют как полугласный-полусогласный.

С приходом цивилизации в Европу и создания тепличных условий вокруг человека, его мозг и речевая мускулатура стали постепенно угасать. Нетрудно предсказать, что случилось в результате этого со сложным звуком "краткое и". Попробуем максимально расслабиться, словно после инсульта или бутылки алкоголя, и попытаемся произнести этот звук. У нас получится нечто невнятное в диапазоне "дж" - "ж" - "х". Что мы и слышим в разных концах Европы. И не только Европы.

Понятно, что это - неполный ответ. Хорошо бы понять, каким образом разные регионы пошли одним из этих трёх путей? От более развитого переднего невнятного "дж" назад через "ж" к самому неразвитому "х".

Основными факторами регионов являются зимние холода и близость моря. Зимние холода замедляют деградацию. А морские пары облегчают воздух, заставляя население "пищать" и "фальцетить". Возможно, северное расположение Англии позволило ей "пострадать" менее всех. А южное расположение Испании - более всех.

https://ru.wikipedia.org/wiki/J

Каждый язык приспособил ее под свои нужды.
Буква С в разных языках тоже по-разному звучит
(и не только она).

Вначале было слово (звуки), а лишь затем появились буквы

Всему причиной косноязычие.

Ты путаешь причину и следствие. Закорючка J не даёт никаких звуков.

Буквы звучат по разному, слова и все языки разные и религии разные. Мысли разные, методы достижения цели разные.
Как может прижиться терпимость, родиться толерантность, когда давно - давно все разное.