Добавим к этому то, что использовавшиеся на тот момент ЭМУ плохо понимали четырёхзначную нумерацию: номер 1003 выглядел на них как 100з, а 1004 – как 100ч.
Теперь о том, почему перенумеровали только 1003. Дело в том, что этот маршрут не выходит за границы Москвы и числится в реестре муниципальных маршрутов Дептранса. В отличие от него, 1001, 1002 и 1004 – смежные межсубъектные маршруты, и для их перенумерации требовалось бы согласование с областью. В области номера 501, 502 и 504 заняты; к тому же отношения между транспортными ведомствами соседних субъектов федерации в последние годы были довольно прохладными, доходившими порой до открытого противостояния. И Дептранс просто не стал заморачиваться.
Маршруты 1001—1004 для обслуживания Новой Москвы были впервые запущены в октябре 2012 года. Поначалу их обслуживали частные перевозчики по нерегулируемым тарифам: 1001 и 1003 – ООО "ГЕПАРТ", 1002 и 1004 – ООО "Бетта-Автотранс". Весной 2013 года все четыре маршрута были переданы Мосгортрансу. Вскоре маршрут 1003 был перенумерован в 503 и появилась его версия до Кузовлёво под номером 503к, спустя ещё некоторое время перенумерованная в 303.

Автобус "Тёплый Стан – Каменка" ещё под номером 1003 (на ЭМУ – 100з).
Фото с сайта fotobus.msk.ru