Есть какие-то теории которые сначала всерьёз считались верными А потом выяснилось что ложные?

Начнем с фактов ...Электрон вдруг перестал вращаться вокруг ядра. А масса перестала расти с увеличением скорости.... А дальше будет еще интереснее.. Земля скоро станет плоской, судя по вопросам. Вакуум считался абсолютной пустотой, сейчас же наполнен виртуальными частицами. И скоро мы тоже окажемся виртуальными, потому что живем в матрице. И все, что мы видим, это не реальность, а иллюзии. ..Страшно интересно!

Что Земля покоится на трёх китах...

тогда уж следом за Барком - теория эфира.

Правда сам Максвелл то писал, что эфир - просто прием, чтобы представить смысл уравнений, то считал его реальным, причем местами твердым, местами жидким, а местами - из сцепленных шестеренок.

Из самых известных - теория эфира и теория теплорода, о которых уже упомянули выше.
Можно ещё вспомнить теорию четырёх стихий, которая сейчас осталась тольк как философское течение, а раньше применялась практически в алхимии и медицине.
Кстати, вот и ещё один пример - алхимия.

Теория теплорода. Что тепло - это невидимая жидкость, которая переливается из тела в тело.

Огромное множество! Например такая: курение есть единственно эффективное лекарство от всех болезней.

Целое море. Вначале, описание электромагнитизма проходило в пространстве с множеством шестерных передач. Потом появился светоносный эфир. А в результате, оказалось, что для распространения света никакая среда не нужна.

Повторю ответ по поводу теплорода.
Да, эта модель казалась научной. Более того, эта модель, на основе неправильных (!) предположений о природе тепла, позволяет получать правильные результаты. Вот такой вот парадокс.
Более того, реликты старой отвергнутой теории теплорода сохранились в терминологии. Например, что такое теплоемкость с точки зрения "теплородщиков"? Это - объем, в который можно "закачать" тепло. Если емкость для тепла большая, то нужно больше передать тепла, чтобы температура тела повысилась.
Точно также обстоят дела с понятием теплопроводность. От которого позже произошло понятие электропроводность. С точки зрения "теплородщиков" есть материалы, которые по разному сопротивляются передаче тепла.
И это только одна из таких теорий.

Второй пример. Орбитальная теория строения атома Бора. Оказалось, что для атома водорода с ее помощью можно много полезного рассчитать. С появлением полноценной квантовой теории от понятия орбит пришлось отказаться, заменив их на орбитали.

При этом в обеих случаях, старые теории вполне жизнеспособны. В своем узком круге задач.

Та море и буквально в любой науке.
Например, считалось что глаз испускает невидимые лучи, которыми ощупывает пространство перед собою. Или что на сетчатке глаза остаётся изображение после смерти человека.

Есть.
В древности думали что земля плоская...

Нет. За историю науки (400 лет примерно) такого не случалось. Если уж создана теория - то она навсегда. Она может уточняться, переименовываться, становиться частью более общей, могут более точно определяться границы её применимости.
И не путайте теорию с гипотезами, пожалуйста. Отвергнутых гипотез 500 на одну верную (ставшую теорией).

геоцентрическая система Птолемея

Травопольная система Вильямса.

Марксизм- ленинизм.

Теория дарвина