Если строение атома Резерфорда - теория, которая может быть не действительной,

атомное строение по Резерфорду - это упрощенная модель. вся физика - это модели, для детей в школах - самые простые и понятные варианты моделей, в вузах - варианты посложнее, далее для продвинутых - самые сложные модели, наиболее точно описывающие физические явления. Модели (как и теории их описывающие) не могут быть действительными, правильными или истинными. они могут лишь описывать явления либо достаточно точно для современного уровня развития мышления, либо только приближенно к нему, тогда возникает острая потребность к возникновению новой модели.

со времен Резерфорда физика далеко шагнула

Так как размер атома намного меньше любой световой волны видимого диапазона, то никаким микроскопом этого не увидеть! А все преобразователи, из одного в другое, будут использовать компьютерную модель, которая и нарисует то что в неё заложили, то есть модель атома по Резерфорду..

Вообще-то да, печатают ошибочно: масштаб не соблюдён даже рядом, модель упрощена до безобразия, но сама модель Резерфорда успешно подтверждена. Предсказания поведения проводников и полупроводников в электрическом поле, характеристики химических связей, эффект электрического пробоя-всё это и не только это прекрасно сходится с моделью Резерфорда.

Верно, она была противоречивой и потому была быстро отвергнута. На смену ей пришла модель Бора, а затем - квантовая механика.

ЗЫ: а Вы смотрите на это проще - как на существенное уточнение модели Резерфорда.

Я где-то слышал, что отдельные атомы уже научились фотографировать:
http://globalscience.ru/article/read/18783/

Как показывает практика, электроны вокруг ядра не имеют никакого подобия класического вращения; Электрон обвалакивает как облоко, весь атом;

это теория, она недействительна))