Пoчему атеиcт считает, что мыcлит самостоятельно, если его мыcли - это результат неyправляемых им химичeских процeссов?

Почему именно атеист? Верующие тоже так считаю.
В каком-то смысле самостоятельно. А так вы правы.

про атеистов - почему в науке? Ты считаешь, что наука - это то же самое, что атеизм?

все просто, "бритва Оккама". не надо досочинять лишние сущности, если и так все сходится.

"После обеда долетел до станции. Она стоит на маленькой, совершенно пустой планете. Здание как будто вымерло, вокруг ни души. Взял ведерко и пошел взглянуть, нет ли здесь какого-нибудь лака. Ходил, пока не услышал пыхтение. Смотрю, за зданием станции стоят несколько паровых машин и беседуют:
Одна говорит:
— Ясно ведь, что тучи — форма загробного существования паровых машин. Следовательно, главное — выяснить, что было сначала — паровые машины или водяной пар? Я утверждаю, что пар!
— Молчи, проклятая идеалистка! — зашипела другая.
Я попытался спросить их о лаке, но они так шипели и свистели, что я не слышал собственного голоса. Сделал запись в книге жалоб и полетел дальше."
(С. Лем. "Дневники Ийона Тихого")

Если серьезно, то мысли - это результат логических выводов из получаемых ощущений и накопленной в памяти информации. Когда я не пытаюсь пройти через стену, я мыслю самостоятельно, и точно так же это будет делать робот с самобучающейся программой. Когда-то любой ребенок обнаруживал, что через стену нельзя пройти, и запоминал это. Мозг, конечно, снабжен гораздо более мощной самообучающейся программой (нейронной сетью), чем современные компьютеры. Вся нейронная сеть компьютеров размещена на поверхности пластин, в то время как у мозга она заполняет весь его объем и соответственно имеет гораздо больше возможностей по связям элементов.

"результат неyправляемых им химичeских процeссов" - результат не есть процесс, а информация и её носитель не одно и то-же, но это все не для верующих, вам будет не интересно.

то есть, то что твои мысли управляемы ты не споришь?

Химические, они не только не управляемые бывают.

Не пойму, тебе атеисты на остатки хвоста, что ли, наступили?)

Очень даже управляемых. Это верующие не управляют своими мыслями. То за них бог решает, то вообще непонятно кто. Только не они сами)

А вот у верующих совсем другое дело.
.