Почему физики якобы отказались от планетарной модели атома, но не отказались...?

так якобы отказались или отказались совсем, уж определитесь.

"с орбиты на орбиту" - вот именно, что не с орбиты на орбиту, а с орбитали на орбиталь.

При чём в целом электрон никуда не перескакивает, а просто его внутренняя энергия (и квантовые числа, соответственно) меняется так, что при замере он обнаруживается в другой области, а не как-то перелетает из одной в другую. Если бы электрон летал вокруг ядра, то создавал бы магнитное поле и терял бы энергию, а раз этого не происходит, то он и не может летать вокруг ядра... и в условиях классической механики мы получаем парадокс: частица не летает вокруг ядра, но при этом при каждом замере оказывается в другом месте. Однако в условиях квантовой физики это нормально, потому что по её теории электрон размазан вокруг атома (находится в неопределённом состоянии, не имея точной координаты в пространстве), а когда мы делаем замер, то волновая функция электрона коллапсирует до одного конкретного состояния, с конкретным положением в пространстве. Таким образом он вроде и не летает никуда, и при этом постоянно оказывается в разных местах при замере :)

Так что вполне определённо от планетарной модели атома физики (и учёные других областей типа химии) давно отказались окончательно, и сделали это потому, что летающий вокруг атома электрон противоречит наблюдениям (при таком устройстве атомов они бы все быстро теряли энергию и разрушались бы, но на самом деле некоторые из них уж очень стабильны)

Вы интересовались когда-нибудь динамикой планетных систем? Это очень отличается от внутренней динамики атома. "Планетарная модель" была только образным приближением, выражающим тот смысл, что электроны находятся в движении вокруг ядра. Очень быстро по мере набора опытных данных эта картина пересматривалась и была полностью оставлена, задержавшись только в детских учебниках благодаря своей простоте. А перед планетарной моделью была ещё пудинговая – можете и к ней обращаться, если надо.

Принципиальное отличие в том, что планеты на орбитах взаимодействуют по законам гравитации (вклад иных сил ничтожен), а частицы в атоме – по квантовым законам (и вклад иных сил ничтожен). У всякой планеты, например, своя масса, а электроны все одинаковы, планеты могут тяготением влиять на орбиты друг друга, а электроны просто занимают на орбитали свободное место, если оно есть: на орбитали первого типа два е- с противоположными вращениями, на второго – шесть (три па́ры по два) и т. д. Форма орбиталей также отличается от эллиптических орбит: только орбиталь первого типа имеет шарообразность, но и это не то же, что круговое вращение в плоскости.

В конце концов, орбитали – это области пространства, в которых электрон действует как электрон (с разной интенсивностью, пропорциональна которой и вероятность зафиксировать его в той или иной точке в качестве частицы).

В общем, указанные явления – как ионизация или изменение электроном энергетического уровня – никаким образом не объясняются через планетарную модель лучше, чем через современную.
Представьте, что вы добавляете в систему планеты или переводите их между орбитами – то, что будет происходить, не слишком похоже на внутреннюю механику атома, опять же только если в очень общих чертах.

Для некоторых условий вполне пригоден пудинг Томсона, никто и не называл планетарную модель единственно применимой.