что определяет цвет?

цвет определяет возможность глаза по разному реагировать на разные длины волн в определенном диапазоне,
то есть мы видим предметы того цвета какую длину волны этот предмет отражает,
причем наша восприятие мира весьма ущербно мы видим в достаточно узком диапазоне длин волн,
например голубенькие колокольчики на самом деле имеют окраску центра цветка другого цвета но мы этого не видим, так как эта окраска лежит в ультрафиолете и предназначена для насекомых

Цвет кожи человека зависит от количества и размера меланосом — крошечных пигментных гранул в особых клетках меланоцитах, а также от цвета пигмента, содержащегося в этих гранулах. На сегодня известно около сотни генов, которые отвечают за цвет кожи человека

Цвет - понятие, которому на физическом уровне соответствует длина волны электромагнитного излучения (или энергия частиц, называемых фотонами) . Мы видим тот или иной цвет, поскольку специальные рецепторные клетки в наших глазах "умеют" различать длину волны электромагнитного излучения. Чем ниже длина волны (или, соответственно, выше энергия фотонов) , тем "темнее" свет в шкале красный-оранжевый-желтый-зеленый-голубой-синий-фиолетовый.
Конкретно атомы и молекулы, конечно же имеют цвет, поскольку атомы и являются источниками электромагнитного излучения, которое называется светом. В общем случае он такой же, как и цвет вещества, которое состоит из этих молекул, т. е. молекула серы - желтая, молекула йода - фиолетовая, и проч. С атомами немного сложнее...

есть такое понятие, как Теория цвета...
подробнее здесь:
http://colorinform.ru/2009/03/gyote-lend-nyuton-i-teoriya-cveta/

пигмент кожи меланин отвечает за цвет а он от оптических явлений

Цветовой спектр.