планирую сделать перепланировку в квартире, снести часть стены, которая является медкомнатной. Как и где это оформить?

В вашем городе должна быть служба узаконения перепланировок. Либо обратитесь в ЖЭУ

Если не думаешь продавать то сноси так, замучаешься оформлять всю эту лабуду, тем паче что стена не несущая

Про согласование перепланировки рекомендую прочесть хорошую статью, в которой подробно описано как согласовывать перепланировку:
http://resog.ru/soglasovanie-pereplanirovki-kvartiry

по поводу медкомнатных стен к медикам. и вас вылечат

Статья 26. Жилищного кодекса РФ. Основание проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения

1. Переустройство и (или) перепланировка жилого помещения проводятся с соблюдением требований законодательства по согласованию с органом местного самоуправления (далее - орган, осуществляющий согласование) на основании принятого им решения.
2. Для проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения собственник данного помещения или уполномоченное им лицо (далее в настоящей главе - заявитель) в орган, осуществляющий согласование, по месту нахождения переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения представляет:
1) заявление о переустройстве и (или) перепланировке по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;
(в ред. Федерального закона от 23.07.2008 N 160-ФЗ)
2) правоустанавливающие документы на переустраиваемое и (или) перепланируемое жилое помещение (подлинники или засвидетельствованные в нотариальном порядке копии) ;
3) подготовленный и оформленный в установленном порядке проект переустройства и (или) перепланировки переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения;
4) технический паспорт переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения;
5) согласие в письменной форме всех членов семьи нанимателя (в том числе временно отсутствующих членов семьи нанимателя) , занимающих переустраиваемое и (или) перепланируемое жилое помещение на основании договора социального найма (в случае, если заявителем является уполномоченный наймодателем на представление предусмотренных настоящим пунктом документов наниматель переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения по договору социального найма) ;
6) заключение органа по охране памятников архитектуры, истории и культуры о допустимости проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения, если такое жилое помещение или дом, в котором оно находится, является памятником архитектуры, истории или культуры.