Правомерно, что при получении 2-го высшего, мне не перезачли дисциплины, которые есть в первом дипломе?

смотря что за дисциплины. Мне перезасчитывали и за 9 лет. Возможно при первом у вас часов не хватает.

скорее всго вы не прошли по часам... обычно в приложении помимо оценок указывают количество пройденных часов, если по первому образованию они меньше чем на 70%, то вам им могут незачесть

Этот вопрос, как правило, решает деканат - ему видней, поинтересуйтесь в учебном отделе о правовой основе отказа.

Напрасно коллеги и прочие сомневаются что у вас есть право просить о перезачете и что это ничем, мол, не регламентируется. Это не так.
Приказ Минобразования РФ от 14.10.1997 N 2033
"Об утверждении Положения об экстернате в государственных, муниципальных высших учебных заведениях Российской Федерации"
(Зарегистрировано в Минюсте РФ 30.10.1997 N 1403)

9. Допуск к аттестации студента, получающего второе высшее профессиональное образование в форме экстерната, осуществляется по распоряжению ректора (проректора) на основе одного из договоров, примерные формы которых приведены в Приложениях N N 3 - 6 к настоящему Положению. Ректор (проректор) вуза решает вопрос о перезачете курсов, сданных студентом в ранее оконченном аккредитованном высшем учебном заведении, при условии полного соответствия требованиям, установленным к данным дисциплинам учебным планом. Основаниями для перезачета ранее сданных одноименных дисциплин должны быть приложение к диплому о высшем профессиональном образовании государственного образца (академическая справка, аттестационная ведомость, в случае прохождения текущей аттестации в другом вузе) , заявление студента с резолюцией на нем заведующих соответствующих кафедр о возможности перезачета. Перезачтенные дисциплины заносятся в зачетную книжку в установленном порядке.

Документ принят в соотвествии с Федеральным законом от 22.08.1996 N 125-ФЗ (ред. от 27.07.2010) "О высшем и послевузовском профессиональном образовании"

Таким образом, условием перезачета является соотвествие учебным планам ВУЗа. Вам есть смысл подойти в деканат и еще раз поговорить на тему перезачета дисциплин. Ссылка на Устав ВУЗа тут вообще ни о чем. Устав ВУЗа должен соответствовать федеральному законодательству. И согласно этому самому законодательству у вас есть право на перезачет (при условии совпадения уч. планов) .
Ограничения по сроку в последних редакциях вышеуказанных документов я не нашла. Но вполне возможно я была недостаточно внимательна и что-то пропустила.

Полная самодеятельность и вымогательство взятки, правильно Вы пишете намекают только не на устав ВУЗА, есть соответствующий приказ минобраза и засчитываются по нему даже дисциплины имеющие разные названия или даже если их вообще не было, а проше сказать все общеобразовательные дисциплины в данной области. Я первое образование получал в 89 г- ничего прекрасно зачли и историю КПСС и марксистко-ленинскую философию.

А есть законное основание перезачесть дисциплины? тем более пятилетний давности. Программа и методика давно поменялись начиная от рейтинговой системы кончая новыми материалами и способами преподавания, новым регламентом вузов. Нет закона перезачесть дгисциплины. Тем более 5 лет, и если еще и вузы разные. Федеральный например ничего тебе не перезачтет если ты учился в менее престижном вузе.