Купили квартиру, при купли проверили на чистоту, но объявился супруг. как быть?

Когда он выписался - не принципиально. Если он законный супруг и квартира приобреталась в браке, то он давал своей жене согласие на приобретение этого имущества. И это заявление должно находиться в деле по приобретению этой квартиры в Росреестре.
При продаже совместно нажитого имущества супруг должен давать супруге согласие на отчуждение этого имущества, поскольку он имеет право на 1/2 долю этого имущества (вне зависимости от того, что документы полностью оформлены на его жену) . Соответственно, если жене каким-то образом удалось ввести органы регистрации (Росреестр) в заблуждение, написав в заявлении о семейном положении, что она в браке не состоит, а в Росреестре не "подняли" старое дело по приобретению этой квартиры и "проворонили" тот факт, что она на момент приобретения отчуждаемого имущества в браке состояла, муж мошенническим путем лишился своей собственности. Соответственно, здесь только ему решать, согласиться ли взять у жены половину денежных средств, или настаивать на расторжении сделки и возвращении совместно нажитого имущества. У Вас он ничего требовать не может, поскольку Вы уплатили за квартиру 100% его жене. Однако, он может быть не согласен в принципе с суммой денег, обозначенной женой в качестве стоимости квартиры - это его право.

В Вашей ситуации весьма сомнительным выглядит момент, что Росреестр столь халатно отнесся к своим обязанностям. И попахивает ситуация банальным "разводом" - Вас пугают судами и т. п. , а на самом деле просто пытаются "вымогнуть" дополнительных денег.

Постарайтесь выяснить, каким образом жена стала собственником квартиры (это должен знать Ваш риэлтор, проверявший "чистоту" квартиры, кстати, и тоже удивительно, что он столь некомпетентным образом подошел к своим обязанностям - странно и вряд ли, что он "просмотрел" и не заинтересовался, в браке приобреталась квартира, или нет, если она приобреталась по договору купли-продажи) . Если жена получила квартиру по приватизации, то муж не может претендовать ни на что, поскольку это "подарок от государства" и совместной собственностью супругов не является. Если квартира приобреталась по договору купли-продажи, нужно выяснить, состояли ли в браке эти люди на момент покупки, или нет. Если нет - аналогично, супруг отдыхает. Также он ни при чем, если квартира досталась жене по наследству или договору дарения.
Если же квартира приобреталась в браке и Вам неудастся договориться "полюбовно" - тогда сделка будет растограться, квартира вернется ее прежнему собственнику, Вам вернут уплаченные денежные средства. Причем если удастся договориться мирным путем (супруг возьмет половину денег, например, у своей жены) - это должно быть закреплено документально, от супруга должно быть получено официальное, нотариально удостоверенное его согласие на уже произошедшую сделку, во избежание возможности продолжить вымогательство в дальнейшем.

вы добросовестные приобретатели
если истец (супруг) докажет что имущество выбыло из его владения помимо его воли
однако же семейным кодексом предусматривается режим совместной собственности и при отчуждении имущества одним из супругов, предполагается воля второго супруга
вот практически и всё что можно сказать в ваше оправдание

Отправьте к супруге - она деньги получила. А вообще, может обратиться в суд о признании сделки недействительной. если признают сделку недействительной, то будут возвращать стороны в первоначальное положение: вам деньги - им квартира.

Ну, или он у Вас деньги попросит (половину от стоимости кв-ры, например) или готовьтесь к расторжению договора.