Какая разница в зарплате должна быть у директора и главного бухглатера

Директор-хозяин, бухгалтер-наёмный работник.
Сейчас тысячи бухгалтеров работают чёрт знаем кем... только свистни....

Если учесть то что директор такой же наёмный сотрудник и не он платит заплату гл. бухгалтеру, можно согласовать с последним о его заработке. Если он работает 1 час в день, то можно даже его не вносить в штат сотрудников. Если в среднем з/п директора 50000 руб, то гл. бухгалтера с этой фирмы выхлоп не должен превышать 35000 руб. Конечно если он руководит группой бухгалтеров и не занимается делами фирмы на дому. Если же он один всеми делами руководит, то он не глав бух, а просто бухгалтер, так-как ни над кем он не главенствует и количество подчинённых "0".
Но в каждой фирме свои заморочки. Например в центрах кузовного ремонта, мастер приемки, с высшим образование, а иногда и с опытом работы по ремонту кузова, получает около 20000 руб. При том что простые работяги получают свыше 70000 руб (информация за 2014 год). А к примеру моя тётя работала главным бухгалтером и вела несколько фирм сразу. Мало кто мне верит, но в 2003 году её ежемесячный доход составлял 640000 руб. Живёт она в Новом Уренгое. Сейчас счастливый пенсионер с подтяжкой лица))

Как вариант: можно запросить в Статуправлении справку о средней заработной плате по вашему региону за интересующий период.

Суждения относительно "...у бухгалтера реальная занятость час в день от силы, или 2-3 раза в неделю по 2 часа.." очень субъективны. Иногда один бухгалтер за 2 часа пребывания на работе ведет и сдает отчетность так, что у ИФНС и других органов вопросов не возникает. А есть такие бухгалтеры, которые просиживают весь день и иногда задерживаются после рабочего дня, а толку мало (то требования от налоговой по штрафам, то за несвоевременно не сданные отчеты и т. д).

В зависимости от валовой прибыли.