может ли сестра моего мужа прописать новорожденного ребенка,если они совладельцы по 1/3,а собственник их отец?

Согласно ст. 70 ч. 1 Жилищного кодекса РФ на вселение к родителям их несовершеннолетних детей не требуется согласие остальных членов семьи нанимателя и согласие наймодателя.
Любой гражданин РФ может зарегистрировать по месту жительства своего несовершеннолетнего ребенка в жилом помещении в котором он сам зарегистрирован по месту жительства (совершенно независимо от того, является ли он собственником жилого помещения или нет) и для регистрации несовершеннолетнего ребёнка не нужно спрашивать чьго бы то ни было согласия, кроме согласия второго родителя, если он зарегистрирован по месту жительства в другом жилом помещении. Причем, обращаем особое внимание, ни один из нормативно-правовых актов не содержит требования, что второй родитель должен обязательно присутствовать при подаче документов или же писать свое согласие в письменном виде.
Еще раз. В соответствии с действующим законодательством РФ, для регистрации ребенка по месту жительства отца (записанного в свидетельстве о рождении ребенка ) или матери (если родители зарегистрированы по разным адресам, не требуется обязательного представления письменного согласия от второго родителя, что он не возражает против регистрации ребенка, не требуется обязательного присутствия второго родителя при подаче документов на регистрацию ребенка по месту жительства или пребывания) , не требуется согласия третьих лиц и достаточно представить в паспортную службу свидетельство о рождении ребенка и паспорт одного из родителей.
Важно обратить внимание, что это правило распространяется и на жилые помещения, находящиеся в собственности третьих лиц (не родителей ребенка ), если родители зарегистрированы в таком помещении, ребенок регистрируется по месту жительства родителей (одного из родителей) без согласия собственника помещения. Но в тоже время, ребенок может проживать совместно и как следствие проживания, быть зарегистрирован только по месту жительства родителей, или законных опекунов, а не других родственников, в т. ч. бабушек и дедушек.

родитель регистрирует своего новорожденного ребенка по месту своей регистрации без согласия других собственников

У вас в вопросе ошибка. Если отец собственник, то у них долей нет. А если квартира приватизирована на всех троих, то они все собственники в долях т. е. совладельцы. Ребёнок всегда автоматически регистрируется по месту регистрации матери.

Один из родителей (не обязательно мать) в не зависимости от наличия права собственности на квартиру или долю в ней вправе зарегистрировать своего несовершеннолетнего ребенка на ту жилплощадь, на которой он зарегистрирован сам. Согласия собственника жилья не требуется (ст. 31 ЖК РФ).

Если квартира приватизирована: на вашего мужа, сестру мужа и их отца (они все являются сособственниками этой квартиры, и главного собственника здесь нет) , то она имеет полное право прописывать своего ребенка там, требуется лишь согласие остальных собственников. Если не придут к согласию, она может потребовать прописать ребенка через суд.

Моя Фамилия Карамиля кстати, может прописать если хочет поскольку имеет пай на жилье даже 1/3