Почему на Nikon 3100 18-55 kit VR темные снимки при ручном режиме M??

НЕ правильно выставили экспозицию. Поставте для начала на автомат и посмотрите что он вам выставит, а после соавните с тем, что выставили вы.

Неправильно подобрана экспопара. Подробнее тут.

Как сказал незабвенный Аркадий Райкин: "Кто что охраняет, тот то и имеет".
Так и здесь. Кто что ставит, тот то и имеет.
Если не лень, попробуйте разок поставить аппарат в режим приоритета диафрагмы, навести на объект съёмки, нажать кнопку спуска до полунажатия и посмотреть на показания выдержки. Потом эти параметры выставить в ручном режиме.
Так используется аппарат в качестве экспонометра.

Если у Вас получаются тёмные снимки, то нужно увеличить время экспозиции (выдержку длиннее).

Потому-что это ручной режим. ISO, дырочку и выдержку правильно подобрать. то изображение нормальным будет.

Потому что при съемке в М автоматика камеры не работает, и подразумевается что Вы руками выставили все правильно.

всё вышесказанное верно, но есть одно но.. ваша камера с этим объективом, ВСЁ РАВНО БУДЕТ ТЕМНИТЬ.. Даже при правильном подборе экспопары. Поэтому снимайте в RAW,а потом корректируйте.. или покупайте другой объектив.. Ставьте ИСО немного повыше, чем требует ситуация..

Что-то неправильно ставите: или выдержку или ИСО или выдержку или диафрагму. , Неужто встроенный экспонометр не показывает на сколько ступеней недодержка выходит при полунажатии на кнопку спуска? Читайте инструкцию, вдумчиво, не поняли - еще раз прочли! До тех пор пока не усвоите зависимость ИСО-выдержка-диафрагма.

потому, что в этом режиме MANUAL, все надо выставлять ручками)

потому что надо фотографировать в авто, раз не знаешь как сделать так, чтоб нормально проэкспонированые снимки были. а чтоб это сделать надо правильно выставить экспопару. а чтоб ее правильно выставить надо для начала знать что это, а потом научаться на глаз определять какая нужна для конкретного случая.