На более высоком ISO дает более точную автофокусировку

А ты сам как думаешь? Ты ночью хорошо ориентируешься или днём лучше, чем ночью? Так и матрица на фотоаппарате, абсолютно так же, как и с глазом человека

ISO в цифровых фотоаппаратах является цифровой характеристикой, не физической, ISO появляется на сцене ПОСЛЕ того как снимок сделан, поэтому не может оказывать влияние на работу автофокуса.
В ответе Валерия Пикунова даны правильные идеи.

при одинаковых условиях съёмки?

Если Вы фокусировались из режима LIveView, то есть по экрану, а не через видоискатель,
таки да, на автофокус по контрасту, который используется в этом случае ИСО может влиять.
На фазовую фокусировку, которая в Вашей камере используется при работе с видоискателем ИСО влиять не может
И да, обратите внимание на то, что написал Валерий Пикунов, весьма вероятно, что Вы ошиблись и дело вовсе не в работе автофокуса, а в изменении глубины резкости или банальном смазе на более длиной выдержке.

Посмотрите, одинаковая ли диафрагма. возможно что при исо 1000 аппарат ставит более узкую диафрагму чем при исо 200, получается больше глубина резкости и проще обеспечить точное попадание.
Второй вариант - выдержка. Если съёмка без штатива, то на исо 1000 при прочих равных условиях выдержка в 5 раз короче чем при исо 200, а это существенно снижает влияние дрожания рук

Вот послушай дядю Пикунова, вторая часть его ответа. У тебя просто шевеленка. Поставь на штатив и сними одно и тоже (чтоб не двигался аппарат) удивишься кроме шума ничем не будут отличаться. Желательно с пульта или с таймера снимать.

Тебе это кажется! ))D