Нужно ли платить 13%-ный налог за продажу помещения

Поскольку помещение в собственности было менее 3-х лет, то налог на доходы физических лиц платить придется.
Сумму налога можно рассчитать двумя способами (по Вашему выбору) :
- либо с разницы между ценой продажи и ценой покупки - в этом случае Вам будет необходимо подтвердить расходы по приобретению этого помещения (приложить копию договора на приобретение + копии платежных документов, например, расписки) ;
- либо (если документы не сохранились) с суммы, превышающей 250 тыс. руб. Да, при продаже нежилого помещения не облагаемая сумма составляет именно 250 тысяч (миллион относится к жилым помещениям - смотрите статью 220 налогового кодекса; нежилые помещения - это "прочее имущество", для него вычет именно 250 тыс. руб. )
Отсюда: чтобы не платить налог 13 % нужно продать помещение менее, чем за 250 тысяч (либо дешевле, чем купили) .
В любом случае (получится у Вас налог к уплате или будет нулем) Вы обязаны до 30 апреля следующего года подать в свою налоговую декларацию формы 3-НДФЛ (иначе нарветесь на штраф).

с суммы превышающей 1млн. руб. или с добавочной стоимости....

согласно ст 220 НК РФ Вы должны заплатить либо 13% от суммы превышающий 1000000 р. , либо (по Вашему выбору) с суммы превышающей инвестиционную стоимость данной недвижимости. Если данная недвижимость куплена Вами за 3000000, а продаете Вы ее за 5000000, то платить налог Вы должны только с 2000000

если не ошибаюсь! налог не платят если помещение было в собственности более трех лет!