Фарисеи были сектой в буквальном смысле слова?

Фарисеи (ивр. פְּרוּשִׁים‎, перушим, прушим) — религиозно-общественное течение в Иудее в эпоху Второго Храма, одна из трёх древнееврейских «сект» или «философских школ» , возникших в эпоху расцвета Маккавеев (II в. до н. э.) , хотя возникновение фарисейского учения может быть отнесено к времени Ездры. Учение фарисеев лежит в основе Галахи и современного ортодоксального иудаизма.

Все эти и многие другие ещё противоречия между буквой древнего закона и жизнью служили главной исходной точкой для образования трёх древнееврейских сект. Саддукеи, к которым принадлежала почти вся родовая и денежная аристократия, считали Божественный закон неизменяемым и настаивали на исполнении его во всей его строгости; для облегчения его тягости они требовали лишь отмены всех тех дополнений и наслоений, которые он получил в народной практике. Ессеи также считали закон неизменяемым, но так как условия жизни в стране перестали отвечать древнему закону, то они предпочитали удаляться от этой жизни и уходили в пустыню и в деревню, где ничто не мешало им доводить соблюдение Моисеева закона до крайней щепетильности.

Третью секту образовали фарисеи. Это были люди, вышедшие из глубины народной массы и поднявшиеся на её поверхность благодаря своему умственному развитию. Фарисейское движение сформировалось в борьбе против контролировавших храмовый ритуал саддукеев. Возникновение в этот период синагогальной литургии было, по-видимому, выражением стремления фарисеев подорвать религиозную монополию саддукеев: религиозный ритуал и молитва, которые исконно были частью храмового культа, стали отправлять в домах, а ученые, не принадлежавшие к священническому сословию, начали играть важную роль в религиозной жизни народа. В вопросах внутренней политики они всегда стояли на стороне народа против посягательств господствующего класса; поэтому народ доверял им и следовал во всем их учению. Из любви к народу и из уважения к древним традициям они признали обязательность всех постановлений законоучителей и всех народных обычаев, совокупность которых получило название «устного закона» , в противоположность писанному — Моисееву. Признавая, подобно саддукеям, неизменяемость Божественного закона, они, в противоположность им, считали, что закон существует для того, чтобы его добросовестно исполняли, однако основная цель законодательства — служить благу людей. Лозунгом фарисеев было: «закон для народа, а не народ для закона» . Эта цель ясно указана самим Моисеем: «Соблюдайте постановления Мои и законы Мои, которые исполняя, человек будет жив» (Лев. 18:5). При этом фарисеи прибавляли: «… будет жив ими, а не умрёт из-за них».

Нет. Потому как не отделяли себя от веры Моисея, тоже приносили жертву в Храме, и лишь отличались внешним благочестием, которое подчеркивали.

Иудаизм и пантеон римских богов являлись официальными государственными религиями

Почему были??. .
Их и сейчас полно...

Да, это была одна из трёх древнееврейских сект.

И фарисеи и саддукеи и христиане, всё это секты. Слово "секта"сейчас приобрело нарицательный смысл, поэтому "кто не с нами, тот против нас".