Иногда слышу фразу типа:"Церковь осудила".Как то не вяжется с "Не суди и не судим будешь."?

Не надо выдёргивать слова из контекста!
Вот соответствующий абзац Нагорной Проповеди (Матфей, 7:1–5):
«Не судите, да не судимы будете, ибо каким судом судите, таким будете судимы; и какою мерою мерите, такою и вам будут мерить. И что ты смотришь на сучок в глазе брата твоего, а бревна в твоем глазе не чувствуешь? Или как скажешь брату твоему: «дай, я выну сучок из глаза твоего» , а вот, в твоем глазе бревно? Лицемер! вынь прежде бревно из твоего глаза и тогда увидишь, как вынуть сучок из глаза брата твоего»

Здесь даётся не просто императив "не судите", а запрет с обоснованием запрета.

1. Нельзя честному судить неправедным судом, чтобы не подвергнуться такому же неправедному суду (по "той же мере"). Потому что неправедным судом честный будет признан бесчестным.
Это обоснование для честных дураков.

2. Нельзя судить справедливым судом, если у самого рыльце в пушку. Потому что если ты не закроешь глаза на чужое преступление, то и на твои преступления не закроют глаза. Это одно из правил круговой поруки.
Это обоснование для мерзавцев.

3. Там же содержится прямое обращение: "Лицемер! "
Соответствующая часть Проповеди относится к лицемерам.

Но!
Из той же формулы следует, что если мерзавец будет судить бесчестным судом, то и его самого будут судить так же бесчестно. И так он выйдет сухим из воды. Мерзавцу достаточно объявить честность благодеянием, а праведность - бесчестием. И тогда, в соответствии с христианскими канонами, "так и ему будут мерить", и он, вероятно, будет оправдан.
Конечно, если бесчестный человек будет вовсе воздерживаться от суда, то и его судить не будут (точнее, как утверждает христианство, не должны) . Но как ему быть, если не все вокруг подлецы и дураки, если есть честные люди, способные и желающие выносить суждения?
Выход для мерзавцев есть! Они должны загрести себе как можно больше судебных полномочий! Желательно, все - как это делает государство, а теперь ещё и Церковь, сливающаяся с ним в идеологическом экстазе. А остальным заткнуть рты, объявив их суждения "самосудом", а "самосуд" объявив преступлением и грехом.

мнят из себя апостолов Христовых...

вот такая она, противоречивая вся..

Господь Иисус Христос дал Своей Церкви право "решать и вязать"" Что свяжите на земле, то и будет связано на небе, что разрешите на земле, то и будет разрешено на небе"

Но ведь церковь судит не нашим судом, не мирским, и не нас с вами. Зачем же лезть во внутренние дела?
Не суди, и не судим будешь -имеется в виду осуждение человека человеком. ну что тут непонятного? вы же уже задавали этот вопрос. И не раз. И даже не два.

нет воли Отца вашего Небесного, чтобы погиб один из малых сих. 15 Если же согрешит против тебя брат твой, пойди и обличи его между тобою и им одним; если послушает тебя, то приобрел ты брата твоего; 16 если же не послушает, возьми с собою еще одного или двух, дабы устами двух или трех свидетелей подтвердилось всякое слово; 17 если же не послушает их, скажи церкви; а если и церкви не послушает, то да будет он тебе, как язычник и мытарь. 18 Истинно говорю вам: что вы свяжете на земле, то будет связано на небе; и что разрешите на земле, то будет разрешено на небе.

Осуждает церковь дела греховные, но не людей

"Каким судом судите, таким и судимы будете".
Поверьте, церковные деятели знают эти слова.

Церковь судит духовным судом, а ин суд человеческий. "Не суди и не судим будешь. "-это о суде человеческом.

Жизнь полна противоречий.