Чем удобнее всего рассортировать различные файлы, в основном документы, примерно 200 тыс файлов в 50 тыс папок?

Вопрос на засыпку - что значит рассортировать? Если там и так 50000 папок, похоже, что оно как раз рассортировано.
А так конечно TotalCommander позволяет просматривать содержимое в режиме все файлы сразу из всех подпапок в одном окне ( Ctrl+B ) , а также выделять файлы по нужному шаблону ( нажать плюс для ввода ) , ну и перемещать выделенные в нужную папку.
Но при таком количестве тормоза будут космические - для ускорения лучше сразу отключить показ значков, ассоциированых с типами файлов

Придётся архивы создавать - тематические, в алфавитном порядке.

Товарищ по работе разбивает на папки сначала по виду программы на основе которой файлы создавались, word, exel, и так далее, затем по годам создания файла, дальше основное направление или тематика.. .
Уверен у вас будет около 200-300 папок, а может и меньше...

а по каким критериям сортировать то, у файла много признаков, например по размеру, по первой букве и т д, проясните вопрос, вообще я сначало бы рассортировал по алфавиту, а потом в каждой папке от а до я, по тематике, так легче искать

А заархивировать не пробовали

Total Commander попробуйте. Вам понравится.

Пиши на почту, может индивидуально напишу :)

Total Commander...

Вопрос не ясен. Сортировка по каким критериям. Командер может только по размеру и датам, а Вам видимо нужно и по содержанию.

Как уже сказали выше для такой операции подойдет - Total Commander
Лучше пока ничего не придумали.