Я уволилась, а расчет хотят отдать не весь, вопрос дальше...

Так нельзя сделать - должны выплатить все.
Можно обратиться с жалобой в трудовую инспекцию по месту нахождения работодателя или к мировому судье. Перед этим можно попробовать поговорить на работе на эту тему, дать понять, что вы знаете, что это нарушение, сказать, что вам рекомендуют обратиться в труд. инспекцию, в этом случае работадатель скорее всего изменит свое решение и все выплатит.
Если это не подействует, обратитесь к руководителю директора филиала, вышестояший руководитель вообще может не знать, что в филиале происходит.
Ну а потом уж в трудовую инспекцию...

Удержания из зар. платы могут сделать если Вы являетесь материльно-ответственным лицом, и не отчитались за какие-то денежные средства - их автоматически могут удержать из заработной платы.. .
Во всех остальных случаях самовольных удержаний быть не должно.. .
докладная, Ваша объяснительная и приказ, с которым Вас знакомят (но причина на удержание должна быть очень весомая (как порча имущества допустим))...

Как я понял Вы уволились без отработки, тут начальник прав но надо было указать причину увольнения в связи с продолжительной болезнью. И Вам не ндо было увольняться а уйти с работы по больничному.

В соответствии с ТК, ты должна подать заявление за две недели до дня увольнения. Если у тебя после подачи заявления, начинается больничный, то срок увольнения увеличивается на время больничного т. е. больничный тебе обязаны оплатить. А удерживать зарплату по желанию директора, не имеют права. Т. к. на любое удержание должен быть приказ, с которым работника знакомят под роспись.