Как написать заявление на гл.бухгалтера,на каком основание,приказа?

В справке 2-НДФЛ указан Ваш "грязный" доход. Для проверки правильности начисления заработной платы необходимо из указанного в 2-НДФЛ дохода вычесть 13% (налог на доходы физ. лиц) и прибавить положенные Вам налоговые вычеты (если такие есть) .
Налоговые вычеты бывают разные. Самый распространенный-стандартный налоговый вычет, предоставляемый по основному месту работы (не помню точно его размер, я не бухгалтер. Если не прав-поправьте, но вроде бы вычет налогов на 400 рублей в месяц при сумме дохода (общего) до 400000 рублей в год до вычета налогов. Это значит, что государство Вам скастит 52 рубля в месяц, если Вы получаете меньше 33000 рублей в месяц) . Также есть вычет на покупку квартиры, на ребенка, на образование, на платное здравоохранение.
Чтобы прикинуть грубо-вычитайте из месячного дохода 13% и сравнивайте результат с выпиской по карте. При несоответствии результата (больше чем на 1-2%) можно заявлять в милицию или заявление директору Вашего предприятия (что, скорее всего, будет эффективнее и правильнее с сточки зрения первого шага) .
Пример подсчета:
2НДФЛ
Январь - 22988,50
Февраль- 22988,50
Март - 22988,50
Апрель - 22988,50
Пересчитываем минимальный чистый доход, который должен был Вам прийти на карточку.
Январь - 22988,50 - 13% = 20000
Февраль- 22988,50 - 13% = 20000
Март - 22988,50 - 13% = 20000
Апрель - 22988,50 - 13% = 20000
При наличии вычетов сумма на карточку приходит чуть больше,
Берем выписку и смотрим внимательно на цифры прихода денег.
Зарплата за январь приходит в начале февраля (до 14-го) , аванс в середине января (после 15-го) . То есть все что пришло с 15 января по 14 февраля-зарплата за январь, 15 февраля по 14 марта - за февраль и т. д. Если работодатель нарушает сроки выплат, то он нарушает ТК РФ.
Если в нашем примере за январь пришло 18000, за февраль - 19000, то можно писать "телегу", если чуть больше или равно 20000, то все в порядке.

ссылайтесь на Трудовой Кодекс!

Но несовпадение может быть из-за НДФЛ.. . Проверяли?

напишите в свободной форме, изложите суть и приложите копию выписки с вашего банковского счёта.

В свободной форме, дескать ворует...

Сделайте для начала полную выписку с банковской карты.