Собираюсь уволиться и надо будет отрабатывать две недели. Аннулируется ли омс полис?

ОМС с работой вообще никак не связан. ДМС будет действовать как минимум до даты вашего увольнения (а если повезёт - то до окончания его срока действия).
В течение этих 2 недель от подачи заявления и до увольнения вы не "отрабатываете", а остаётесь полноценным работником со всеми своими правами и обязанностями.

полис ОМС не имеет никакого отношения к работе, вы его сами получаете в страховой компании. на работе могут дать только полис ДМС, тот, за который платит работодатель в рамках своих "бонусных программ". когда и как он прекращает свое действие должно быть сказано в договоре, который вам должны были дать вместе с полисом. как правило, после увольнения работника работодатель уведомляет об этом страховую компанию и полис прекращает действие.

- ОМС это федеральная программа... Не аннулируется...

Полис ОМС не зависит ни от места работа ни от прописки, вы его получаете потмоу что вы гражданин РФ. Даже если вы устраивались на работу еще в те времена когда ОМС оформлялся через работодателя, то с тех пор вы должны были его обменять еще лет 10 назад.
Работодатель мог вам дать полис ДМС, в этом случае вам надо уточнить перед увольнением будет он действовать до окончания срока действия или будет анулирован.

ОМС или ДМС? ОМС больше к работодателю не привязан, даже если оформляли Вам его когда-то на работе. Можете спокойно продолжать пользоваться. А можете изменить, если хотите перейти в другую страховую компанию.
А вот ДМС, который работодатель предлагает своим сотрудникам в качестве дополнительного бонуса, аннулируется. Когда именно - зависит от договора с конкретной страховой и от того, как выстроены процедуры работы внутри Вашей компании. Могут и день в день в дату увольнения отозвать, а могут и до конца отчетного периода не подавать в страховую заявку, что одного сотрудника надо из страховки исключить. Но в любом случае не до истечения двух недель - ведь в это время Вы имеете право передумать увольняться.

полис не аннулируется.

Странно. Полис ОМС вообще от работы не зависит вроде.

Получал за всю жизнь один только раз, работу приходилось тоже менять. За это время и я по истрепался, и мой полис))