Кредит в Сбербанке. Пенсия на карточке Сбербанка. При задержке погашения кредита может ли Сбер сам снять с пенсии долг?

Если кредит оформлялся на базе карты - вполне возможно.

а зачем потом на просрочке возмут гораздо больше

Снять - нет. Но счет заблокируют (в размере долга) . А когда вы придете узнавать, почему не можете воспользоваться своей пенсионной картой, вам напомнят о долге. Допустим, ваша задолженность составляет 5 тыс, а на счету у вас 15. Снять сможете только 10.