если отформатировать жесткий диск через командную строку, то винда тоже удалится?

Если система загружена, то из-под неё отформатировать системный диск НЕВОЗМОЖНО - хоть из командной строки, хоть по иному.

нет

Смотря какой раздел будете форматировать

Винда не позволит в режиме работы отформатировать раздел С

если получится отформатировать - то конечно. процесс форматирования и подразумевает очистку таблицы размещения файлов. То есть при последующем включении компьютер не увидит файлов винды.