Подавление шумов при длительных выдержках нужно включить раз и навсегда. С рук с такими выдержками всё равно снимать нельзя. А на штативе не имеет значения. Кстати, процессор при этом довольно долго работает, несколько секунд. Зато шумоподавление получается очень качественным, в этом жанре Nikon лидер (в компании с Leica).
Шумоподавление при высоких ISO — вопрос неоднозначный. Если снимаете в RAW, то бесполезно. Так или иначе будете обрабатывать после. Я часто пользуюсь зональным шумоподавлением на фонах вручную, а объекты с важными деталями оставлю как есть или слегка обрабатываю по части шума. Если снимаете в JPEG, то в зависимости от настроения/сюжета/задачи. Никоновский шум похож на фотографическое зерно, особенно в ч/б. В зернистости нет ничего противоестественного с художественной точки зрения.
Современные имидж-процессоры научились работают с шумоподавлением зонально. Резкость почти не теряется. Например, топ-мыльницей Nikon P7700 при включённом шумоподавлении (настройка NR — средняя) можно смело снимать JPEG при ISO 1600 и даже 3200. Несмотря на относительно маленькую матрицу эта камера по шумам превосходит зеркалку пятилетней давности. Во всяком случае так мне показалось при сравнительных пробах. Но только в JPEG, в RAW шумы мыльницы очень заметны уже при ISO 400. (Я сравнивал P7700 именно с D90, потому что обе камеры 12-мегапиксельные) .