можно ли принимать протеин вмсте с аминокислотами?

Да, в разное время. Амины с каждым приёмом пищи, а протеин после трени и перед сном.

через 40- 50 мин

в принципе это одно и тоже, возьми что-то одно, но если есть бабло бери все и сразу)