Позвонили с военкомата, сказали что нужно явится в военкомат составить документ по доверию военной тайны. Что это значит?

Если было сказано в такой форме, то тогда это точно кто то пошутил.

Скорее всего, кто то прикололся...

Пойдите и узнайте в военкомате.

Это означает, что вам будут оформлять допуск, а после призыва пойдете служить в нормальную режимную часть.