через какой срок после курса лечения язвы антибиотиками можно делать контрольный фгдс?

сразу

я бы не советовал, если все хорошо. Этот вопрос надо бы обсудить с лечащим врачом. Повторная гастроскопия "поможет" Вам "засеять" новую флору, при недобросовестной обработке гастроскопа.