Почему все сверх естественное считают чем-то не материальным?

Потому что тогда это было бы естественным, не так ли? Материя подчиняется определённым законом, от того она "естественна", а наука, изучающая поведение материи -- естествознание. Если что-то не подчиняется законам, то это не материально, это идеально (в философском смысле, это не положительно окрашенное прилагательное) .
Материализм принципиально отвергает всё сверхъестественное.