когда подается заявление на материальный ущерб по ст. 109 ч. 2 если ведется следствие и куда?

Если очень хочется - то в орган, расследующий дело.
Но.. . как уголовист - не советовал бы по тактическим соображениям заявлять иск до вступления приговора в силу.