Стоит ли ставить 64 битную систему и как это лучше всего сделать?

Очень просто... Скачать и установить!!!

Да, Intel Core 2 Duo - 64-разрядный процессор

Установка ничем не отличается от 32-разрядной. Теоретически должна работать быстрее, на деле этого не заметно.

Она уже давно должна стоять и работать, а не только быть в проэкте

можно и поставить, только не факт что всю память увидит 🙂
может и 3.25 и 3.50 стоит оно того?

стоит.. .
так как улучшена производительность.. .
так же как и 32 битную...