И если налоговая один раз отказала в ликвидации, то нужно ли снова подавать публикацию в Вестник?

Скажите, а ИФНС присылала вам какие нибудь требования об уплате этой пени? Если нет, то почитайте:
"Налоговая не вправе отказать в ликвидации юрлица из-за долгов перед бюджетом, если не предпринимала усилий по взысканию этих долгов
ИФНС отказала в государственной регистрации ликвидации юридического лица в связи с наличием у него непогашенной задолженности перед бюджетом по налогам, пени, штрафам.
По мнению суда, позиция ИФНС необоснованна.
Суд установил, что общее собрание участников ООО приняло решение о ликвидации общества в порядке добровольной ликвидации. На основании вышеуказанного решения в регистрирующий орган направлены уведомления о ликвидации общества и назначении ликвидатора. По истечении срока для предъявления требований кредиторами налогоплательщиком составлен промежуточный баланс.
Однако ИФНС в должный срок не обратилась к ликвидатору с требованием о погашении задолженности перед бюджетом. Кроме того, ИФНС, располагая данными о ликвидации налогоплательщика, не воспользовалась своим правом на проведение мероприятий налогового контроля, выездная налоговая проверка не проводилась.
Суд указал, что отказ в государственной регистрации ликвидации юридического лица возможен только при наличии нарушений, предусмотренных Законом о государственной регистрации юридических лиц и ИП. Среди них нет такого основания, как наличие непогашенной задолженности перед бюджетом, при том условии, что ИФНС не предпринимала никаких действий в качестве кредитора, направленных на установление соответствующей задолженности.
(Источник: Постановление Федерального арбитражного суда Поволжского округа от 28 января 2010 г. по делу N А12-12057/2009)"
Ну а если требования ИФНС были вам предъявлены в срок, то отказали правомерно.
Ну а что касается прохождения процедуры повторно, то наверное лучше узнать в ИФНС как сделать, если они кончно правомерно отказали в регистрации ликвидации.