Хочу возврат налога 13% с квартиры. Я заемщик, но 2 владельца (я и жена). Выплатят мне только с пол стоимости квартиры?

http://www.pnalog.ru/material/imuschestvennyy-nalogovyy-vychet-pokupka-kvartiry-suprug

Да, выплатят по стоимости вашей доли, т. е. половину

вернут только с 1 млн, а не с полквартиры

Если эти 2 собственника-нынешние муж и жена. -невозможно переоформление
Опустим ипотеку-потому что все переоформления только с разрешения банка, т к квартира в залоге. Ну допустим банк что-то разрешит (что маловероятно), сделать то, что Вы хотите нет никакой возможности и смысла.
1) если брак заключен, то один супруг не может ПРОДАТЬ другому супругу, он может только ПОДАРИТЬ А для вычета нужен именно Договор купли-продажи.
2) Вычет не предоставляется, если стороны договора являются ВЗАИМОЗАВИСИМЫМИ лицами. Кто это такие-читаем ст 105.1 НК РФ пункт 2 особливо-подпункт 11 .Но до этого даже и не дойдет, т к все равно невозможно заключить договор купли-продажи.
Просто перераспределить вычет по заявлению (например 99% и 1% )вы сейчас не можете, так как у Вас ОБЩАЯ ДОЛЕВАЯ (гляньте в свои св-ва о госрегистрации-там написано-по 1/2 доли) собственность-при ней вычет распределяется в соответствии с долями. Перераспределение возможно только при ОБЩЕЙ СОВМЕСТНОЙ (а ее у вас не могло быть в принципе, так как она разрешается только между законными супругами, а договор вы заключали, еще не будучи в браке)
Так что не дергайтесь-ничего не получится