Могут ли забрать муниципальную квартиру, если я за нее плачу ком. услуги и свет, но не проживаю там более 3-х лет.

Если долгов нет то спите спокойно.

главное кварплату оплачивать

Как показывает практика - фиг им! Не парьтесь!

Врядли за долги, а вот если найдётся умник, который захочет сильно Вашу квартиру то возможно-Ваша квартира в доме, а там есть общее собрание жильцов, которое пишет гумагу на прокуратуру, а та подает иск о признании реги недействительной и запрете пользования в связи с длительным отсутствием. Вариантов много!

Нет, не могут.
Приватизируйте-тогда и с долгами фиг заберут.

Во первых у Вас должны быть правоустанавливающие документу на основании которых вы должны проживать в этой муниципальной квартире, скорее всего это договор социального найма, учитывая что Вы не проживаете в указанной квартире собственники данной квартиры могли составить акт о том что в указанной квартире проживают иные граждане без согласия собственника. Ничего страшного в этом нет, вы можете оформить догово поднайма и приспокойно продолжать пользоваться этой жилой площадью. Но только если это договор социального найма. И старайтесь соблюдать жилишное законодательство.