Слышала,что по требованию аудиторов счет-фактуры и накладные на реализацию должны хранится в разных папках.Так ли это?

п. 1 Правила ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость
"Покупатели ведут журнал учета полученных от продавцов оригиналов счетов-фактур, в котором они хранятся, а продавцы ведут журнал учета выставленных покупателям счетов-фактур, В КОТОРЫХ ХРАНЯТСЯ их вторые экземпляры. "

Поэтому они и должны хранится в раздельных папках.

Все правильно говорят аудиторы - вам и самим так удобнее работать с документами.
Но даже если вы их будете хранить в одной папке - нарушением это считаться не будет и к пагубным последствиям не приведет. Мнение только о вас сложится как о бухгалтерах-неряхах.

Это было бы очень неудобно -у нас они вместе

Не знаю, но у нас в разных хранятся....

У меня маленькая фирма и все документы хранятся в одной папке, с разделителями, а если большой документооборот, то удобней разложить по папкам

Это не требовние аудиторов, есть правила ведения журналов учета получ. и выдан. счфк, книг покупок и книг продаж, накладная и счфк совершенно разные документы по сути (счфк вам нужна для расчета НДС) , поэтому и хранятся они отдельно.

я тоже храню отдельно

1.счета-фактуры - это документы Налогового учета, для исчисления НДС и по требованию Постановления Правительства соответственно хранятся в Журнале полученных и Журнале выданных счетов-фактур.
2.накладные-это первичные учетные документы бухгалтерского учета в целях учета на балансе предприятия
материальных ценностей и Учета расчетов с Поставщиками
3.Для удобства пользования счета-фактуры копируются и копии подшиваются вместе с накладными.