Обязательно ли заключать трудовой договор с учредителями ООО? Как начисляется з/п учредителям?

А наверняка ваш Учредитель=Директор захочет увидеть начисление Зарплаты.
Но.. .

Если учредитель сам себе директор
Если руководитель организации является ее единственным участником, заключать с ним трудовой договор не нужно.
Единственный участник общества должен своим решением возложить на себя функции единоличного исполнительного органа.
Управленческая деятельность в этом случае осуществляется без заключения какого-либо договора, в том числе и трудового. (Письмо Минздравсоцразвития РФ от 18.08.2009 № 22-2-3199)

Если учредитель единственный, то заключать трудовой договор не обязательно и начисление з/платы то же. Если учредителей несколько и один из них является ген. директором, то желательно заключить трудовой договор на основании протокола общего собрания участников, договор подписывает другой учредитель (и) со стороны предприятия и если ведется деятельность то нужно начислять з/плату хотябы минимальную и соответственно будут налоги. Насколько я поняла вы этого не делали, значит оставьте прошлое как есть, а на текущий момент исправляйте ситуацию.

Учредителю можно дивиденты платить.... А должность учредителя как то не существует для трудового договора

Платите ген. директору, у него договор подписывает учредитель, т. е. он сам.

Если у учредителей нет должности в штатном расписании, то и трудовой договор с кем заключите то? Трудовой договор заключается между учредителем и ген. директором.

Если вы их принимаете на работу на вашу вакансию, то обязательно,
или они будут работать бесплатно.
Начислять зарплату аналогично как любому другому сотруднику.
Разве что премии лишить такого сотрудника будет сложнее (-:,
если будет повод.
Да и прогулы в табеле вип-сотруднику не ставят (-: