Увольнение директора по собственному желанию

ваш вопрос вызывает недоумение, мягко говоря. .
У вас 2 сотрудника или 1? Если один, то почему у него одновременно 2 практически одинаковые должности? Если 2, то опять же, почему должности у них одинаковые? Кто является исполнительным органом - директор или генеральный директор? Если увольняете именно исп. орган, то одновременно на его место должен будет принят другой или его И. О. , т. к ООО не может быть без директора/гендира или как вы там назовете.. .
Запись в трудовую делается на общих основаниях как и для других сотрудников. Компенсация за неиспользованный отпуск выплачивается, если она есть.
Налоговую вы должны уведомить в течение 3-х дней с момента назначения нового директора/гендиректора.
________________
тогда увольняйте директора как обычного сотрудника, налоговую уведомлять не нужно
п. с. извините за вопрос, а зачем 2 одинаковые должности? и что значит "до этого был только директор"? он был исп. органом?

1.На основании п. 2 ст. 278 ТК (за исключением периода временной нетрудоспособности или нахождения в очередном отпуске п. 6 ст. 81 ТК) К субъектам, имеющим право принимать решение досрочно прекратить трудовой договор с руководителем организации, ТК относит: уполномоченный орган юридического лица; собственника имущества организации; уполномоченное собственником лицо (орган) . Уполномоченные органы юридического лица вправе принимать решение о досрочном прекращении полномочий руководителя организации только в том случае, если это отнесено к их компетенции (Устав) . Основание: протокол общего собрания или решение единственного учредителя.

На основании протокола издается приказ об увольнении. Запись в трудовой книжке будет следующего содержания: Трудовой договор расторгнут в связи с принятием собственником организации решения о прекращении трудового договора, п. 2, ст. 278 Трудового кодекса Российской Федерации.
При увольнении директора или другого работника организация обязана выплатить компенсацию за неиспользованный отпуск.

2.Организация в течение трех дней со дня смены руководителя (генерального директора) должна уведомить об этом регистрирующий орган (ИФНС).