Как быть, если в суде выясняется, что потерпевший (юр. лицо) не может быть им (потерпевшим должно бытиь другое юр. лицо)

А я так полагаю что сие обстоятельство очень даже серьезное. Потерпевший, значит уголовное дело. Если уголовное дело то есть еще и подсудимый которого обвиняют в совершении конкретных преступлений и причинении вреда конкретному лицу (пусть и юридическому) обвинение предъявленное органами следствия обязательно будет содержать некую фразу: "такми образом действиями Пипикина ООО "Рога и копыта" причинен материальный ущерб на сумму... " Так вот в приговоре судья не вправе заменить потерпевшего. Так что дело скорее всего вернется прокурору для перепредъявления обвинения.

Суд вправе признать потерпевшим то лицо, которому причинен ущерб. При этом судом выносится соответствующее постановление о допущении представителя юридического лица в качестве представителя потерпевшего.
Вновь вступившему в уголовный процесс представителю потерпевшего по его же ходатайству предъявляются на ознакомление все материалы уголовного дела.
И у представителя потерпевшего будет возможность заявлять ходатайства по делу и т. д.

Указанное вами обстоятельство не является основанием для возвращения уголовного дела прокурору в порядке ст. 237 УПК РФ, если не лишает суд возможности вынести судебное решение по результатам рассмотрения дела.

Если не меняются основные обстоятельства подлежащие доказыванию, а также потерпевший является вышестоящим юр. лицом, то можно допустить замену в судебном заседании. Но чаще происходит другое и дело подлежит возвращению прокурору в порядке ст. 237 УПК РФ.

либо ненадлежащая сторона в процессе которую привлекут в процесс, если граждаский, а уголовный скорее всего вернут в прокуратуру