Судья вернул уг дело прокурору назад по основаниям статьи 237 УПК РФ, прокуратура, не согласная с судьей подала протест.

Начнем с того. что если этот факт имеет место это дело "косячное" , причины могут быть быть разные . но я думаю. что дело имеет несколько эпизодов и неверно по-эпизодно КВАЛИФИЦИРУЮЩИЕ признаки указаны. это чаще всего бывает.
Далее
До начала судебного слушания Подсудимых не бывает, статус лица в отношении которого составлено О. З. - обвиняемый.
ну и пусть прокуратура протест подает, не факт что суд следующей инстанции его удовлетворит, Возражения подать можно.. Только если обвиняемый под стражей, надо обязательно подписать под текстом .чтобы протест прокурора рассматривали с его участием и не пропустить срок подачи такого возражения. ( а представители защиты в этом слушании тоже будут .это обязательно и если не явится защитник по соглашению, то будет назначен защитник в порядке 51 -ой.
Если если дело не сильно публичное ( не путать с публичным характером обвинения ) т. е. без шумихи для общественности, Шансов на удовлетворения протеста у прокуратуры нет. , будут устранять допущенные "Косяки". И вот еще что. а что с постановлением о мере пресечения.... на три месяца продлили или что?

Возражение можно подать в горсуд, а можно отправить в в Верховный суд, заранее.
Если вы будете подавать через суд, то УПК не предусматривает делать дополнительные копии для участников процесса. Однако если вы ходите сделать копии то копии делаются по числу участников процесса (прокурору, потерпевшему) .
Вы будете извещены о рассмотрения уголовного дела в Верховном суде, ваше права поехать туда и поддержать свое возражение т. е. сказать что с постановлением судьи вы полностью согласны, что действительно имеются нарушения препятствующие рассмотрению уголовного дела и т. д.