есть ли в действиях следователя нарушения УПК рф

Предъявить обвинение по ст. 112 УПК РФ невозможно.
Если срок предварительного следствия продлевался до 16 сентября, то назначить экспертизу можно было и в последний день этого срока.
Что же касается отсутствия одного тома при выполнении требований ст. 217 УПК РФ, то никто Вас не заставлял ставить свою подпись под собственноручно написанными словами о том, что "с материалами дела ознакомлена полностью, без ограничений во времени, заявлений и ходатайств не имею". Уголовное судопроизводство дилетантов не терпит, Ирина. В следующий раз, если хотите на должном уровне защищать свои права, поручайте это профессиональному адвокату.
Это будет надежной гарантией тому, что Вам не предъявят обвинение в съедении Джеймса Кука...

на суде заявите что с делом не ознакомлена, это плюс вашему адвокату. даже дела разваливали.

Несущественно.
Даже если с делом на следствии не ознакомились, можно с ним ознакомиться на суде.

в действиях следователя никаких нарушений УПК РФ не усматривается, потому что, как я поняла из вопроса, обвинение было предъявлено по ст. 112 (хоть она и написала что УПК, то я думаю перепутала с УК) , а это дознанская подследственность. И следователь тут совершенно ни при чем, так как дело было в производстве у дознавателя, тем более, что она указывает про обвинительный акт, а это подтверждает мои слова, что дело расследовалось Отделом дознания.

Дядя Фёдор, Ирина написала, что НЕ подписала протокол!