вопрос о налоге с прадажи квартиры

Это НДФЛ, а не налог с продажи. Квартира, которая продается, в собственности менее 3-х лет? Тогда налоговая декларация подается и применяется имущественный налоговый вычет 1 млн. руб. или доходы от продажи уменьшаются на расходы при покупке или при долевом строительстве. Больше 3-х лет в собственности - ничего не подаете и не платите. При покупке - налоговый вычет до 2 млн. руб.

Если обе сделки будут проведены в одном календарном году, то вам необходимо будет уплатить НДФЛ в размере (( 5 млн. - (1 млн. + 2 млн.) ) * 0,13 = 260 тыс. руб. !

Нотариус прав только в одном - при покупке квартиры вычет представляется с суммы не более 2 млн. руб. , даже если Вы потратите на покупку 5 млн.
В остальном ситуация для Вас несколько лучше.. .
При условии, что и продажа старой квартиры и покупка новой состоится в одном году, на пример в 2013 г. , Вам НЕ надо сначала платить налог с 4 млн ((5 - 1) х 13% = 520 т. р.) , и только потом получать возврат с 2 млн. , т. е. 260 т. р.
В этом случае Вы подаете Декларацию о доходах в 2013 г. (не позднее 30 апреля 2014г.) , в которой сразу отражаете доход от продажи старой квартиры (5 млн.) , вычет с этого дохода (1млн. ) и вычет с расходов на покупку новой квартиры (2 млн.) . При том Ваш налогооблагаемый доход в 2013 г. составит 5 - 1 - 2 = 2 млн. руб. , с которого Вам придется уплатить в 2014 г налог (НДФЛ) по ставке 13%, т. е. 260 т. р.
Но есть вариант еще несколько облегчить Ваше налоговое бремя…
В том случае, если Ваша старая (продаваемая) квартира ранее была КУПЛЕНА Вами за сумму более 1 млн. , на пример, за 2 млн. и сохранились ДОКУМЕНТЫ, подтверждающие уплату этой суммы, то Вы в своей Декларации вместо вычета в 1 млн. отражаете этот расход (2 млн.) .
Соответственно, Ваш налогооблагаемый доход в 2013 г. составит 5 - 2 - 2 = 1 млн. руб. , с которого Вам придется уплатить в 2014 г налог (НДФЛ) по ставке 13%, т. е. 130 т. р.
Удачи.