Нужно платить налог при продаже квартиры

Во-первых, сейчас уже не 3 года надо иметь в собственности, а 5 лет. А во-вторых, платится налог с ДОХОДА от продажи квартиры, а не с "продажной стоимости". То есть, например, показываете, что купили её за 3 млн. руб. (старый договор купли-продажи), а продали по договору за 3 млн. 10 тыс. руб. И платите налог 13% с 10 тыс. руб. А всё что свыше оформляете, как компенсация за благоустройство квартиры, скажем, 500 тыс. руб. - покраска стен, замена дверей, ремонт ванной комнаты и т. п.

Всё зависит от основаниу приобреткния этой квартиры, её цены и кадастровой стоимости.
То что покупаете- другая история. Вычет на покупку первой уже использовали?

налог платить нужно, потом подашь декларацию, тебе его вернут.

Нужно предоставить декларацию. А с налогом - как получится.
Обязанность предоставления декларации связана исключительно с фактом продажи недвижимости, бывшей в собственности менее 3-х лет. Куда потрачены деньги и даже еть ли налог или он равен нулю, на эту обязанность не влияет.
При этом факт продажи и факт покупки рассматриваются как совершенно не связанные друг с другом вещи. И считаются они отдельно.

Итак: первым делом нужно исполнить обязанность по декларарированию продажи и определиться с налогом. Тут все просто:
- считаем доход - это сумма, полученная от продажи (если квартира стала собственностью после 01.01.2016 потребуется еще сравнить ее с кадастровой стоимостью проданной квартиры; если кадастровая стоимость, умноженная на 0,7, выше цены по договору - берем в качестве дохода именно ее, а не то, что в договоре написано);
- заявляем вычет на продажу. Он может быть фиксированной суммой (1 млн руб., если квартира получена в дар, по наследству или по приватизации) или равна сумме расходов на покупку этой же квартиры (тогда нужно прикладывать документы, эти расходы подтверждающие);
- считаем доход минус вычет на продажу = налогооблагаемый доход - от него и считается налог.
Если нуля при этом не получилось, тогда

... прикидываем возможность заявить еще один вычет - на покупку новой квартиры.
Условия, при которых вычет на покупку можно заявить в одной декларации с отчетом по продаже, следующие:
- ранее Вы никогда не получали вычет на приобретение недвижимости (или получали после 01.01.2014 в отношении недвижимости, купленной после 01.01.2014, и не добрали до 2 млн. руб.);
- право собственности на новую квартиру оформлено в том же году, когда и продажа старой (обратите внимание: не просто куплена новая квартира, но оформлено право собственности).
Если оба условия выполняются - дополняем декларацию еще одним вычетом - на покупку.
Облагаемый налогом доход тогда считается так: доход - вычет на продажу - вычет на покупку.
Если получится не ноль - платим налог в размере 13 % с того, что вышло.
Если получился ноль - ничего не платим.
Если вышло нечто отрицательное - у нас есть право еще и получить возврат (при наличии официальной зарплаты, разумеется).

В любом варианте: декларация обязательна - до 30 апреля года, следующего за годом продажи.

нужно