После хорошей прокачки в тренажерном зале через 2 дня болят мышцы.

тут все написано
http://www.sportbok.narod.ru/Tren/tr4.html

Спортивные медики выделяют четыре причины посттренировочных "мучений":
так называемая "запаздывающая" мышечная боль,
перерасход энергетического "топлива",
повышенная реактивность нервных окончаний
и пере тренированность.
Тут возможна боль двух типов: боль от накопления лактата (молочной кислоты) в мышцах и боль при травмировании мышцы (или связки, сустава) .

В первом случае это нормальный процесс. Во время анаэробных нагрузок, когда мышцы работают в бескислородном режиме, в них неизбежно накапливаются продукты распада и в большей степени – молочная кислота. При этом ощущается нерезкая боль, больше похожая на нарастающее жжение (предполагается, что продукты распада увеличивают осмотическое давление, в мышечных волокнах накапливается жидкость, и они начинают воздействовать на нервные окончания) , после прекращения нагрузки кровь достаточно быстро вымывает кислоту, а сопровождается это набуханием нагруженной мышцы (кровь интенсивно приливает к ней) . Весь этот процесс часто называют забитостью мышцы. После непродолжительного отдыха кровь вымывает все продукты распада, и мышца приобретает свое естественное «эластичное» состояние.

Мне всегда говорили, что начинает выдиляться молочная кислота.

После тренировки попробуйте облиться очень холодной водой из ведра или окунуться в бассейн

1 из 2-х:
НАКОПЛЕНИЕ МОЛОЧНОЙ КИСЛОТЫ
или
ЗАПАЗДЫВАЮЩАЯ МЫШЕЧНАЯ БОЛЬ (микроразрыв тканей из-за роста мышц)

При высоких нагрузках мышцы растягиваются и да же рвутся. При разрыве промежутки между порванными мышцами зарастают, тем самым увеличивается мышечная масса. Это все хорошо, но нужно заниматься в меру.

Боль в мышцах возникает в результате микроповреждений внутри мышечных волокон. Здесь речь идет не о болевых ощущениях, которые, как считалось раньше, вызываются чрезмерным мышечным окислением. Когда мышцы начинают болеть, они больше не окисляются! Микротравмы появляются вследствие непривычных нагрузок или удлинения мышц при противодействии им (эксцентрическое сокращение) . Мышечная боль также ни в коем случае не является признаком роста мускулов, о чем до сих пор можно прочесть в некоторых книгах, посвященных силовым тренировкам. Наоборот, при появлении болевых ощущений следует, в зависимости от их интенсивности, отложить тренировки на несколько дней, что, опять-таки, замедлит тренировочный прогресс.