почему могут отказать в регистрации квартиры

Наверно отсутствие покупателя вызывает подозрения....

если доверенность нотариально заверена то проблем быть не должно

Никто не обязан по закону ставить подпись в договоре купли-продажи непременно в присутствии регитстратора. Вот заявления на регитсрацию сделки должны подавать лично продавец и покупатель. поставить подпись на этих заявлениях и паспорт предъявить. Но заявление на регистр. сделки можно и по доверенности подать др. лицу- от имени покупателя или продавца. Доверенность должа быть надлеж. образом оформлена и заверена. Тот, кто подает по этой доверенности заявление на рег. сделки и ставит подпись на этом заявлении. в заявление вносит реквизиты доверенности. и предъявляете регистратору свой паспорт и доверенность.

на основании ФЗ о гос регистрации недвижимости, специалист, в случае возникновения сомнений вправе приостановить регистрацию на 1 месяц с уведомлением сторон сделки, при неустранении препятствий в регистрации - следует отказ
для договора купли-продажи недвижимости предусмотрена обязательная письменная форма
согласно ГК РФ, договор в письменной форме составляется путем составления одного документа подписанного обеими сторонами
т. к. у вас нет полномочий подписывать договор - отсюда возникают большие сомнения в подлинности воли стороны договора
тем более на гос регистрацию представляется заявления сторон сделки (или их представителей по доверенности) если у вас и на это нет полномочий, то без покупателя совершение сделки не возможно!

нет таких требований подписывать договор в присутствии регистратора, но вообще вы сами ответили на свой вопрос - по доверенности у вас недостаточно полномочий для подписания необходимых документов, поэтому отказывают в регистрации.