покупаем квартиру через агенство. такой способ передачи денег безопасен (с тексте)

Да, это совершенно безопасно. Правильно пишите назначение платежа, например: "За 2-х комн. кв-ру по ул. Зеленая, д. 2, кв. 45 г. Москва по по дог. купли-продажи от 12,09. 2013" Этот документ из банка и будет являться доказательством оплаты.
Правда, здесь есть одно но: если продавец начнет снимать эти деньги со счета, то ему придется заплатить тариф за обналичку примерно 1% от суммы. Тариф не берется, если продавец продержит эти деньги в банке 30 дней или откроет накопительный вклад в этом же банке. Подробности узнавайте непосредственно в том банке, где будете совершать операцию. В каждом банке свои тарифы и правила.
Если вы будете расплачиваться после регистрации сделки, то получите св-во о собственности с обременением. Чтобы снять его, нужно будет ВМЕСТЕ с продавцом посетить Регпалату снова.
http://www.vbank.ru/moscow/personal/services/through_safes/

Оговорите в договоре купли-продажи, что после регистрации прав, вы со своего счета №....переведете деньги продавцу на счет №....Ибо в договоре, хоть что можете прописать!!!!

Это безопасно для покупателя, но крайне опасно для продавца. Нужно совсем не дружить с головой, чтобы согласится получать деньги после госрегистрации, когда у покупателя уже возникло право собственности на квартиру. Оптимальный вариант для обеих сторон -- расчёт через банковскую ячейку с выдачей продавцу по частям: после перерегистрации права, после выписки и после передачи квартиры по акту. Это стимулирует обе стороны.

Через банковскую ячейку

Безопасен. Сейчас все-таки не 90-е годы. Только вот расчеты между сторонами должны быть произведены ДО регистрации. Регистратор спросит продавца, рассчитались ли с ним. Если нет, тогда придется еще раз посетить регпалату, чтобы зарегистрировать акт приема-передачи.

это безопасно 90% сделок купли продажи только так и делают

Ячейка.