Какой налог должен заплатить ИП, при продаже своей коммерческой недвижимости, которая оформлена на Физ. лицо.

Освобождение от уплаты налога на доходы физических лиц действует только в отношении той недвижимости, которая не используется в предпринимательской деятельности.
Отсюда вывод: ИП, продающему принадлежащую ему коммерческую недвижимость, заплатить налоги придётся. Независимо от того, как долго ему как физ. лицу эта недвижимость принадлежит.
Вид и размер налога будет зависеть от того, какую систему налогообложения и по каким видам деятельности он использует.
Если это УСН, то применять к доходу придётся ту ставку, которую наш ИП использует "в обычной деятельности". Причем при этом не будет иметь значения, есть ли в перечне его видов деятельность продажа недвижимости.
А вот всем остальным, в том числе и применяющим патент, платить нужно будет те налоги, которые предусмотрены общей системой налогообложения, т. е.:
- НДС - в размере 18 % от выручки;
- НДФЛ - в размере 13 % от дохода. При этом облагаемый доход можно уменьшить на расходы, связанные с приобретением данной недвижимости (если их есть чем подтвердить), либо применить профессиональный вычет (без подтверждения какими-либо документами) в размере 20 % от дохода с продажи.

Минимизировать ставку, будучи ИП, в данном случае не получится.
Во-первых, потому что вид деятельности, по которому выдан патент, не имеет отношения к реализации недвижимости.
Во-вторых, потому что одновременно с патентом, по всей видимости, не подавалось заявление о применении УСН, в связи с чем к сделке придётся применять общий режим.
В-третьих, потому что продажа коммерческой недвижимости от налогообложения НДФЛ не освобождается.

Единственный вариант: сняться с учета как ИП и реализовать недвижимость. Если статуса ИП у физ. лица в период проведения сделки не будет, то к ней будут применены правила обычные, как при реализации недвижимости простого физ. лица. Т. е. будет действовать освобождение от НДФЛ, так как недвижимость в собственности более 3-х лет.