здравствуйте ситуация такова,работаю в организации маленькой 2 года,на данный момент беременна,недавно всем сотрудникам

Отпуск по беременности и родам, также как и основной отпуск начисляется за последние 12 месяцев работы. Если Вы проработали два года, значит у вас есть срок работы 12 месяцев. Возможно заработок за последние два месяца был маленький, т. е. меньше чем за те два месяца, если сдвинуть расчет отпуска на два месяца назад. Например, если отпуск Вам оформят в декабре 2009 года, то период для начисления отпуска будет с ноября 2008 года по ноябрь 2009 года. А если вы напишите заявление, то получится, что последние два месяца ноябрь и октябрь Вы были в отпуске без содержания, т. е. за свой счет, то отпуск Вам будет начисляться за период 12 месяцев с сентября 2008 года по сентябрь 2009 года. Попросите бухгалтерию расчитать Вам отпуск по двум вариантам и посмотрите за какой период оплата отпускных будет больше так и решайте. Но нужно помнить еще один момент, что за два месяца отпуска без содержания Вам не начисляются отчисления в Пенсионный фонд и эти два месяца не войдут в общий стаж работы, что может отразиться для начисления пособия по больничному листу.

ничего не пишите.

А эти 2 месяца - уже прошли? Скорее всего вам зарплата и не начислялась. Если бы запрлату начисляли, то должны были заплатиь с нее налоги!
Если "задним числом" просят написать Заявление - значит и налоги никакие не платили!

Стукани на них в налоговую, пусть проверочку проведут.

Если вы эти месяцы работали-вам за это заплатили? Какая зарплата черная или белая. Непонятно, зачем это делается... Отчисления в ПФ ведь все равно в это время делались.. .
Может они таким образом хотят обналичить какие то доходы? Выясни как следует в бухгалтерии...