Как сделать дополнительное соглашение к трудовому договору?

Только через увольнение и никаких допов.

Лучше конечно уволить и затем принять, но перевод с совместительства на основную работу тоже не запрещён.. .

Сделайте доп. соглашение, в котором укажите, что пункт № ...(где оговаривается, что работа по совм-ву) излагается в новой редакции (и напишите, что с 00.00.0000 работа является основной) .
Также укажите, что меняется режим рабочего времени (в соотвествующем пункте) с 4-часового на 8-часовой.

1. работник пишет завление о переводе на основное место работы либо об увольнении с 00.00.
приказ о переводе на основное место работы или увольнении ( необходимо учитывать запись в тр. книжке: 1. если есть запись о работе по сов-ву и увольнение по основному стоит 05.02.08. в тр. книжке то вы обязаны перевести 06.02.08. на основное, если вас не устраивает дата перевода, к примеру вы планировали с 10.02. то придется офрмлять увольнение, тем числом, каким он уволился с оновного места работы. , то есть 05.02.
2. Если запись сделана не была о работе по сов-ву и увольнение по основному уже оформлено в тр. книжке то здесь мы увольняем и делаем новый прием человека.
СОГЛАШЕНИЕ №1
о внесении изменений в ТД № от 00.00
г. ____________ дата

ООО "ТИ" (шапка трудового договора) и ФИО.... Работник, заключили наст. соглашение о нижеследующем:
Раб-к и Раб-ль, являющиеся сторонами тр. дог. № от 00.00., пришли к следующиму соглашению:
изложить в след. редакции пукты тр. дог№ от """::
П 1 Работа по наст. дог. является основным с 00.00.
П. Х. раб-ку устанавливается 5 (6) дне-ая раб. неделя продолжительностью (40) 36 часов... .
Все пукты, формулировки и нумерация должна соответствовать тр. дог.
Настоящее соглашение вступает в силу с момента подписания обеими стронами. Аннулирование договоренностей, предусмотренных наст. соглашением, возможно лишь при взаимном согласии.
Наст. согл-ие составлено в 2-х экз. , имеющих одинаковую юр силу, по 1 экз. , каждой из сторон
Настоящее соглашение являетсянеотъемлемой частью тр. дог. № от"""
ПОДПИСИ СТОРОН С указанием реквизитов ООО и личных необходимых данных сотрудника

Вообще -то по совместительству если человек работал, его сначала увольняют, а потом принимают на постонную работу. Один пункт трудового договора не может меняться, т. к. меняется и время работы и оклад, это уже три пункта.