Работник вышел из отпуска на 5 календарных дней раньше(устное соглашение сторон)два дня из которых-суббота и воскресень

Ответа на Ваш вопрос два:
1. Начиная с 2002 г. , расчет дней отпуска делается из числа календарных дней. Поэтому, если Вам предоставят оставшиеся дни отпуска, то их будет как раз 45 кал. дней, т. е. с понедельника по пятницу (включительно) .
2. Другое дело с возможностью предоставления Вам тех дней отпуска, которые Вы, якобы, не догуляли. Тут все сложнее. Вы неофициально вышли из отпуска, т. е. по приказу Вы числились в ежегодном оплачиваемом отпуске. А это значит, что расчет отпускных денег был Вам проведен с расчетом и этих всех дней. Устная договоренность - это юридически ничего абсолютно не значит. Тут, действительно, действия по отношению к Вам будут производиться лишь с согласия работодателя (но это, честно напишу, наказуемо, т. е. в табеле учета рабочего времени Вам будут ставить 8 ч. работы ежедневно, даже если Вы не будете работать, а как бы "отгуливать" недогуленный отпуск. Сами понимаете, что как-то это "попахивает". В идеале Вы должны были бы, при выходе из отпуска, требовать официального оформления данного факта. Сейчас, если работодатель будет возражать давать Вам эти "недогулянные" дни, будет абсолютно юридически прав, потому что в данном случае сам факт появления каких-то отгулов недоказуем.

Если работника отозвали из отпуска (официально, на основании приказа) - все неизрасходованные дни отпуска сохраняются.
Если по "соглашению сторон" - это считается выход на работу во время отпуска, соответственно, компенсируются только рабочие дни. Можно (по соглашению) взять эти дни потом как отгулы, тогда выходные и так будут нерабочими.
Пример: я вышел со среды до воскресенья. 3 дня мне дают отгул. Тогда в следующий раз я беру отпуск до вторника, а оставшуюся часть недели отгуливаю как отгулы.

на усмотрение работодателя

Трудовой кодекс РФ (ст. 125) допускает разделение отпуска на части по соглашению работника и работодателя, при этом одна из них в обязательном порядке должна быть продолжительностью не менее 14 календарных дней, и, конечно, при ее подсчете будут включаться и выходные дни.
Однако порядок учета дней отпуска, в частности, включения выходных дней, следующих или предшествующих рабочим дням, на которые приходится отпуск, в законодательстве не урегулирован. Поэтому, мне кажется, следует руководствоваться ст. 125 ТК, которая предусматривает, что отпуск может быть разделен на части по соглашению между работником и работодателем, и исходить из того, что порядок учета дней отпуска также должен определяться по соглашению между работником и работодателем.