Сегодня выяснилось, что работнице несколько месяцев начисляли лишние деньги (не за полставки а за полную),она звонила, с

Ст. 137 ТК РФ
Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права) , не может быть с него взыскана, за исключением случаев:
счетной ошибки;
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса) ;
если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.
Работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.

Ст. 138 ТК РФ
Общий размер всех удержаний при каждой выплате заработной платы не может превышать 20 процентов,

Отсюда вывод: сначала работник пишет заявление, что она согласна с тем, что произошла счетная ошибка, согласна с суммой переплаты и готова возвращать переплаченную сумму путем удержания из зарплаты в размере 20% от начисленной суммы до погашения задолженности. на основании личного заявления работника руководитель издает приказ об удержании из зарплаты. а если работник не согласен с удержанием, то работодатель топает в суд и решает это дело в судебном порядке. просто так, по собственной инициативе, удерживать что либо с работника бухгалтерия не имеет права.

без суда вам придеться просто списать "лишние" выплаты на не предвиденные расходы или текущие... Удержать их без согласия (письменного) нельзя.

удержать необходимо излишне выплаченные суммы
На основании документа составленного бухгалтерией