Какой период указать в приказе на отпуск, если часть отпуска относится к предыдущему периоду, а часть - к следующему?

Возможны два варианта.
Первый. Например, отпуск 28 дней, из них 14 дней за период с 1 февраля 2012 года по 31 января 2013 года и 14 дней - за период 01 февраля 2013 года по 31 января 2014 года. В приказе указываете период как 01.02.12-31.01.14.
Второй. В унифицированную форму приказа Т-6 допускаете вносить дополнительные реквизиты. Данные изменения должны быть прописаны в локальных нормативных актах организации. В приказе будет две строчки: "за период работы с "01" февраля 2012 по "31" января 2013" и "за период работы с "01" февраля 2013 по "31" января 2014" .
Считаю, что два приказа делать некорректно. Особенно это важно, когда отпуск переходит из одного месяца в другой. Например, отпуск с 22 июля по 18 августа 2013 года на 28 дней. Из них 14 дней (с 22 по 4) за один период, а 14 дней (с 5 по 18) за другой. Если делать два приказа, то расчет отпускных двух половин будет разный, т. к. одна половина начинается в июле, а другая - в августе, соответственно будут разные расчетные периоды: для первой половины - с 1 июля 2012 по 30 июня 2013, для второй половины - с 1 августа 2012 по 31 июля 2013. Если отпуск оформляется сразу на 28 дней, то такой расчет будет неверным.

делайте 2 приказа, не знаю какая у вас программа стоит и бухгалтера. к 2-м Приказам (каждый по своему периоду отпуска) претензий не будет ни у программы (обычно) ни у бухов ни у ГИТ. Перестрахуйтесь, доказывать инспектору при проверке "так тоже можно! " если инспектор не слишком креативен и у него критические дни, нарываться на "че вы тут все типа умные.. ну ладно, посмотрим кто умнее"

Издавайте два приказа и указывайте в каждом из них количество дней и период, за который предполагается предоставить эти дни.